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排污后端处理能力不足。无论是三格化粪池，还是沼气池，其污水或沉渣都需要在后端定期处理，通常有4种处理方式：一是由农户根据容纳程度及时抽取污水、清理沉渣，就地对园田或农田进行还田施肥；二是以村为单位建设分散式集中污水净化池，净化后的水自然排放；三是靠近城镇的乡村，可以延伸敷设污水管网，将污水引入城镇污水处理厂集中处理；四是通过管网连接化粪池，集中引流污水至湿地净化后自然排放。我省由于市县财力有限、农民收入不高，绝大多数乡村没有建设污水管网、污水净化池或者湿地的能力，采取后3种方式处理污水的地区寥寥可数，农村污水后端处理主要还是依赖农民自己定期抽取污水、清理沉渣进行还田施肥。在缺乏系统高效的污水后端处理设施及农户自家农田对污水、堆肥消化不了的现实情况下，农民自己动手清理的主动性不强、积极性不高，便会放任污水下渗土壤，或者从三池出口接排污管引入湖泊河流。
安徽农村厕所问题产生的原因
思想重视程度不够。思想的高度决定行为的力度。具体到农村厕所来说，一方面是政府部门对现实中的问题没有引起足够重视，引发工作的缺位，如上层设计不足、宣传发动不够、政策执行不到位、监督管理不严等；另一方面是农民自身重视不够，对改厕的意义和不改的危害性认识不足，不能形成自发推动改厕的内生动力。
基层网底管理作用发挥不充分。上面千条线，下面一根针。任何一项工作，最后都要靠镇村级基层组织去推动落地生根；任何部门的管理，也需要依靠基层组织去补充、补位。在建设改造农村厕所工作上，基层组织工作人员不能仅限于上传下达、邯郸学步，甚或睁一只眼闭一只眼，要善于思考，多提出适合农村实际和农民需求的好思路、好点子，指导、规范各项行为，及时反馈信息，充分发挥好基层桥梁堡垒作用。
工作缺乏合力。农村污水处理的职能涉及环保、水务、卫生多部门，衔接得好，会合理规划、科学建设；处理不好，部门之间的工作各行其道。缺乏沟通、统筹，就会致使一件事没有人管，或者大家都来管，下面不知听谁的，要么混乱建设，要么重复建设。如，乡村改造规划建设房屋、道路时，没有考虑周全厕所污水处理涉及的化粪池、管网、集中处理设施的建设，导致建设化粪池、管网、集中处理设施时需要二次、三次开挖，甚至无地可建；建设厕所污水处理设施时，缺乏考虑选址合适与否，对将来房屋村舍改造的妨碍程度，导致化粪池可能建在房屋通道中间，开口接管处影响通行；化粪池建成后，部门联合验收的配合程度不高，化粪池的质量、功能能否达到标准不能确定，影响日后使用效果。
